《条例》适用于福建省所有流域的水环境保护，并明确对闽江、九龙江、敖江、晋江、汀江、龙江、漳江、木兰溪、萩芦溪、交溪、霍童溪、东溪等12个重点流域实行更加严格的管理。

　　在内容上，《条例》不乏亮点，在地方立法有限的空间内设置了具有创新性的条款。《条例》规定:严格限制在流域内新建水电项目，科学制定辖区内现有水电站的最小生态下泄流量；对已设立但未实现污水集中处理的工业集中区，实行暂停审批园区内新增水污染物排放的建设项目的制度；在饮用水水源保护区和重点流域干流、一级支流沿岸一重山范围内，禁止开采矿产，禁止种植会引起土壤退化、污染地表水的速生树种等。